北京时间8月28日凌晨，08-09赛季欧洲冠军联赛资格赛第三轮第二回合结束，参加本赛季欧冠正赛的32强全部产生，塞浦路斯、白俄罗斯的联赛冠军均淘汰各自对手实现历史性突破，而在唯一一场五大联赛之间的争夺中，马竞在主场4-0横扫沙尔克04，11年来首次晋级欧冠正赛。佛罗伦萨，阿森纳，马赛等队均顺利晋级。
　　
　　利物浦经过加时赛1-0胜标准列日，两队总分1-0，利物浦艰难晋级。
　　
　　
　　阿森纳4-0特温特，枪手两回合6-0轻松晋级。
　　
　　马竞4-0沙尔克04，马竞总分4-1晋级。
　　
　　考纳斯0-2阿尔堡(丹麦) ，总分0-4，阿尔堡晋级。
　　
　　立陶宛联赛冠军考纳斯在主场付出了两张红牌的代价也未能阻止丹麦人晋级的脚步，阿尔堡依靠下半场的2个进球客场完胜对手，并以总比分4-0杀进欧冠正赛。　　
　　
　　马赛2-1布兰(挪威)，总分3-1，马赛晋级。
　　
　　
　　布加勒斯特星1-0加拉塔萨雷，总分3-2，星队晋级正赛。
　　
　　
　　巴塞尔2-1吉马良斯（葡萄牙），总分2-1，巴塞尔晋级。
　　
　　
　　奥林匹亚科斯1-0阿诺索西斯(塞浦路斯)，总分1-3，阿诺索西斯创造历史成为塞浦路斯首支打入欧冠正赛的球队。
　　
　　
　　费内巴切2-1贝尔格莱德游击，总分4-3，费内巴切晋级。
　　
　　欧洲杯上大放异彩的土耳其前锋塞米赫2森图尔克第28分钟为主队首开纪录，巴西中场阿莱士第58分钟再入一球基本锁定32强入场券，游击队在76分钟扳回一分但为时已晚。
　　
　　萨格勒布迪纳摩1-3顿涅茨克矿工，总分5-1，矿工杀入32强。
　　
　　
　　巴特（白俄罗斯）1-1索菲亚列夫斯基，总分2-1，巴迪晋级。
　　
　　面对两年前曾参加过欧冠的保加利亚索菲亚列夫斯基，即使是在一半时间里少一人作战的情况下，巴特成功的在主场守住了首回合1-0的领先优势，最终2-1的总比分确保他们历史上首次杀入欧冠正赛，同时巴特也是首支参加欧冠正赛的白俄罗斯球队。
　　
　　布拉格斯拉维亚0-0佛罗伦萨，佛罗伦萨总分2-0淘汰对手。
　　
　　
　　基辅迪纳摩4-1莫斯科斯巴达，总分8-2，迪纳摩晋级。
　　
　　首回合在主场1-4落败的斯巴达克无心恋战，上半场他们即以0-2落后，下半场开始后一分钟斯巴达队由德泽约巴挽回颜面，但此后米列夫斯基再入两球，这场前苏联德比最终以基辅两回合总分8-2胜出告终。这样本赛季俄超的参赛球队仅有上届联盟杯冠军圣彼得堡泽尼特一家。
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